Bei dem Herzstück der neuen S-Bahn Mitteldeutschland war Schüßler-Plan für die Objektplanung des 3,5 km langen Tunnelbauwerks sowie die Planung der Verkehrsanlagen verantwortlich. Mit dem für den Wirtschaftsraum Leipzig bedeutenden Verkehrsinfrastrukturprojekt wird das Leipziger Schienennetz neuorganisiert und optimiert. Großräumige Umfahrungen der Innenstadt sind mit der Inbetriebnahme des Tunnels nicht mehr erforderlich, da alle S-Bahn-Linien des umgebenden Netzes in dem City-Tunnel gebündelt werden. Für die Fahrgäste bedeutet das dichtere Taktfolgen und kürzere Fahrzeiten. Darüber hinaus werden durch den Tunnel auch Linien des Schienenpersonenfernverkehrs geführt.
Die Gesamtlänge der neu gebauten Bahntrasse beträgt 6,2 km. Die innerstädtischen Streckenbereiche des Tunnels wurden dabei im Schildvortriebs-Verfahren mit je zwei parallelen Röhren hergestellt, die vier unterirdischen Stationen und Rampen in offener Bauweise realisiert. Die geringe Überdeckung des Tunnels sowie die dichte, zumeist denkmalgeschützte Bebauung der historischen Leipziger Innenstadt führten im Zusammenhang mit den komplizierten Baugrund- und Grundwasserverhältnissen zu einer Vielzahl ingenieurtechnischer Herausforderungen.
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So musste beispielsweise das Schildvortriebkonzept im laufenden Baubetrieb aufgrund undokumentierter historischer Baumaßnahmen mehrfach modifiziert werden. Eiszeitliche Grundmoränenlandschaften, Braunkohleeinlagerungen und Quarziteinschlüsse stehen hierbei beispielhaft für die vorhandenen heterogenen Bodenverhältnisse. Auch die architektonisch anspruchsvolle Gestaltung der unterirdischen Stationen sowie die hohen Anforderungen an deren verkehrliche Funktionalität und an den Brandschutz führten zu einer Reihe innovativer Lösungen. Alle Stationen wurden barrierefrei ausgeführt und teilweise mit natürlichem Licht beleuchtet.
Neben den Generalplanungsleistungen wurde Schüßler-Plan außerdem mit weiteren Beratungs- und Managementaufgaben betraut, wie z.B. der Durchführung von Architekturwettbewerben für den Ausbau der Haltestellen oder bei der Inbetriebnahme der neuen Eisenbahninfrastruktur.
